CrystalMaker 11(日本語PDFマニュアル付)
結晶構造および分子構造を可視化するソフト
2024年1月11日発売エネルギーモデリングツールを使って、構造の新規作成、構造エネルギーの最小化、振動プロパティの予 測、他の物質との適合状況の調査が可能です。CrystalDiffractとSingleCrystalを使って、結晶構造の 回折パターンをメニューコマンド一つでシミュレーションできます。ver.11では、結晶エネルギーの完全モ デリング・フォノンエクスプローラ・温度と圧力のシミュレーション等に関する新機能が搭載されました。
価格は予告なく変更される場合があります。
インストール条件については、各ソフトウェアの利用許諾書を必ずご覧ください。
マークが付いている商品のご注文はWEBからは出来ません。詳しくはこちらをご覧ください。
- 製品特徴
CrystalMakerのユーザーインターフェース
(左上)アニメーションフレーム / (右上)細孔(porosity)の可視化
(左下)Library ブラウザ / (右下)Vibrations エクスプローラ統合された構造ライブラリ
CrystalMaker には、注釈、指数、および、即座に表示できるプレビューを備えた 1200 種類を超える統合された結晶ライブラリが装備されています。このライブラリには、400 種以上の鉱物 (主要な造岩鉱物のすべてとその他の鉱物) と、重要な無機および有機結晶と分子構造、すなわち、バッキーボール (C60 構造) からゼオライト、歯科用セラミックから高温超伝導体などが収録されています。このほかにも、多彩なテーマ別ライブラリも収録されています。
Structures Library の表示例
結晶と分子を素早く新規作成
CrystalMakerを使えば、どのような種類の結晶や分子構造でも素早く簡単に構築することができます。結晶学の面倒さは、組み込みの対称性操作機能と洗練された空間群ブラウザで解消され、全ての結合と多面体は、プログラムによって自動的に生成されます。分子の構築も同様に簡単です(ポイント&クリックで原子と結合を追加します)。Relaxコマンドを使えば、作成した構造のエネルギーを最小化して最適化することができます。
CrystalMakerのモデルタイプには、トラディショナルな “ball-and-stick” をはじめ、space-filling(空間充填)、polyhedral(多面体)、wireframe(ワイヤーフレーム)、thermal ellipsoids(熱振動楕円体)といった広範な種類が用意されています。いずれのモデルタイプも細部にわたりカスタマイズできます。表示オプションによって、フォトリアリスティックなグラフィックにしたり、シンプルなラインアートにすることができます。連続的するプロット範囲を設定すれば、数百万にもおよぶ原子、結合、多面体を描画できます。
3Dグラフィック機能
CrystalMaker には、高画質で高速なピクセルパーフェクトなグラフィックで重なり補正と透過を実現する業界をリードする 3D グラフィクスが装備されています。印刷品質のグラフィックを透明度付きで保存したり、回転する魅力ある構造やアニメーションをビデオに保存できます。
同一の結晶内の異なる原子に異なる多面体スタイルを適用した例
原子ベクトル
曲面で構成された凹状の多面体
半透明の多面体の頂点に楕円体を表示した例
リアルタイムの操作環境
マウスをクリック&ドラッグしたり、キーボードやツールバーを使用できます。格子ベクトル又は平面の法線と並行に表示できます。トラックパッド、 タッチバーによるマルチタッチ回転や縮尺を利用できます。
Windows版では Leap Motion Controllerを使用すると空間内でシンプルなハンドジェスチャーを利用できます。
Mac版では、タッチバーインターフェースがサポートされます。専用のタッチダイヤル、方向プリセット、およびスライダーを使用して回転とズームを行うことができます。多構造アニメーション
複数のファイル(または単一の多構造ファイル)を同一ウィンドウにドラッグ&ドロップしたら、表示される構造のサムネイルをアニメーションのフレームとして並び替えるだけです。複数の表示内容を操作して同期させ、サムネイルをドラッグ&ドロップして順番を変更したら、再生ボタンをクリックしてアニメーションを表示させることができます。
さらに、アニメーションを回転したり縮尺したり、モデルタイプを変更したり、表示方向やモデル設定を変更することもできます。また、プレイバックコントロールを使って、アニメーションシーケンスを「スクラブ」し、シミュレーションの軌跡を素早く確認することもできます。作成したアニメーションは、ウェブやプレゼンテーション用に利用できるムービーとしてエクスポートできます。説得力のある教材の作成
CrystalMaker のドキュメントには、複数の構造を保存することができます。保存された各構造はグラフィカルなサムネイルであらわされます。構造上の挙動やアニメーションとして活用できることはもちろんですが、同じ構造の異なるビュー、異なるモデルタイプ、原子範囲、関連する構造について保存することもできます。どの構造にも個別のノートを付けられます。これらを 3D 回転モデルとともにインタラクティブなスライドショーとして文脈に従って提示することで、教育用として理想的なツールになります。プログラムには、魅力的な教材の作成例が同梱されています。
(例:”Building Quartz”, “Building Spinel”)
ボリューメトリックデータの可視化
現在の構造に任意数の 3D データセットを組み合わせて表示することができます。データセットのそれぞれには個別の視覚設定を行うことができます。インポートできる可視化データは、テキストファイルや電子密度や細孔計算のプログラムで作成されたファイルです。
Smb6の電荷密度(Charge density)の可視化例/半透明で重ねた密度の一部を切り取り、その下にある結晶構造を表示
安息香酸の電子密度(Electron density)をシミュレーションし、(001)面に投影した例
銅構造の細孔を可視化した例
GaussianのCUBEファイルをインポートして、グラデーションの等値面として表現した電荷密度の例
データのインポートとエクスポート
自身で作成したデータを可視化することが可能です。約40種類のフォーマットの構造データをインポートして、それらを素早く可視化したり、カスタマイズすることができます。
DL_POLY の HISTORYファイル等、多構造ファイルを取り扱うことができます。同期化機能とアニメーション機能を使えば、構造的な挙動、格子力学を素早く理解したり、シミュレーションの軌道 (trajectory) を可視化することができます。塊状 (massive) の構造も取り扱うことができます。”Depth Profiling” ツールを利用すれば、塊状構造の関心領域を素早くスキャンできます。パワフルな計測機能
CrystalMakerには、原子や結合をマウスでクリックしたり、ロールオーバーするだけで結合距離、角度、ねじれ角といった配位環境をリアルタイムに測定できる操作性の高いスクリーンツールが装備されています。また、半径をリアルタイムに調整しながら配位クラスターやシェルを可視化できます。例えば、球状のナノ粒子もマウスをクリックするだけで作成できます。結合距離と角度の詳細な情報を画面に出力したり、テキストファイルにエクスポートすることができます。パワフルな Distance Explorer を使えば、任意の元素またはサイトの組み合わせについて、その配位環境をグラフィカルに可視化することができます。また、X 線や中性子の2体分布関数 (PDF) を可視化することもでき、選択した元素対の「部分」PDF を見ることもできます。
変換機能と結晶工学
単位胞を変換したり、格子タイプを変更したり、スーパーセルを構築したり、原点を移動したり、任意のマトリクス変換を適用することができます。選択した格子面に単位胞を投影して “surface cell” を作成することも可能です。
選択ツールを使うことで、原子群の移動、切り離し、複製、非表示、削除ができます。分子断片を非表示にしたり修復したり、個々の分子を単離できます。任意の方位の格子面を表示できます。結晶をスライスして表面や内部面を調べたり、ある構造や分子を別の構造や分子に配置できます。CrystalMaker のリアルタイム結晶工学ツールを使えば、作成した結晶格子の中にスペースを挿入したり、新規原子や分子全体を結晶内に配置したり、結晶格子を新たに設計することができます。分子結晶ツール
CrystalMaker に用意されている専用ツールを使えば、単位胞1つの中身を損なうことなく表示したり、個々の分子を単離したり、非対称単位を表示することができます。断片になった分子を修復し、ある原子に隣接する原子に沿ってプロット範囲を広げることで、複雑さの中から正しい判断を導き出すことができます。
別売りのCrystalDiffractとSingleCrystal
CrystalDiffract(粉末回折)ソフトウェアとSingleCrystal(X 線、中性子、TEM 単結晶回折)ソフトウェアを使って、表示した結晶構造の回折パターンをメニューコマンド一つでシミュレーションできます。SingleCrystalはCrystalMakerとリンクしているため、構造を回転させると回折パターンも回転します。同様に、回折パターンを回転させると構造も回転します。
(左)CrystalMakerでゼオライト構造を可視化 /(右上)CrystalDiffractの粉末回折/(右下)SingleCrystalの電子回折パターン
- 商品詳細
-
動作環境 《Win》Windows 7/8/10/11(64bit)/HD空き容量:1GB以上/RAM:4GB以上
※OpenGL 4.1対応グラフィックスカード/.NET Frameworks 4.8以上
《Mac》Intel Macまたは Apple Silicon/mac OS 10.14/10.15/11/12/13/14/HD空き容量:1GB以上/RAM:8GB以上※納品:ライセンス証書/プログラムと簡易日本語PDFマニュアルPDFはダウンロード
※動作環境の詳細:https://www.hulinks.co.jp/software/crystal/c-maker/section03●画面から結晶が飛び抜けるような3Dステレオ画像もボタンひとつで作成●さまざまな種類の結晶や分子構造も素早く構築●作業には、対称性の組込み機能や高度な空間群エクスプローラを利用し、作成したい結合や多面体もプログラムが自動的に生成●分子構造の構築は、マウスをポイント&クリックして原子と結合を追加するだけの簡単操作●サポートされる30種類を超えるフォーマット(CIF、PDB-Protein Data Bank-、SHELX、VASP等)のデータをインポート●出力オプション:構造データ、結合距離、配位環境、Webページの保存●操作結果をリアルタイムに確認しながら、結晶構造データを編集したり新たに一から構築●トラックパッド、 タッチバー(MacBook Proモデル)によるマルチタッチ回転や縮尺を利用したり、Leap Motion Controllerを使用して空間内でシンプルなハンドジェスチャーを利用可能●別売りのCrystalDiffractとSingleCrystalを追加することで粉末回折と電子線回折パターンのシミュレーションが可能●多数の構造データ利用可能(製品同梱:1,000~、開発元サイト:10,000~)●簡易日本語マニュアルPDF付き●ダウンロード版
【インストール条件・購入条件】
●Personalライセンス:1名のユーザ(注文時に指定された「エンドユーザー」)に対して使用権を付与/同一のユーザ使用に限り、複数のPCにインストール可能(同時起動不可)●個人用ライセンスのため、エンドユーザー以外が使用した場合はライセンス違反となるので注意●インストールは購入時に指定したプラットフォーム(WinまたはMac)に固定●研究室等、1つのグループに付与するライセンスについては別途お問い合わせ販売元: ヒューリンクス
URL:https://www.hulinks.co.jp/ - ◆製品概要はこちら(販売元サイト)
◆X線および中性子粉末回折データの解析 / シミュレーションに!「CrystalDiffract 7」についてはこちら
◆X線 / 中性子 / TEM回折による単結晶回折に「SingleCrystal 5」についてはこちら