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Geneious Prime(ジーニアスプライム)

分子生物学やシーケンス解析に必要なさまざまなツールが統合されたバイオインフォマティクスのプラットフォームです。
直感的なユーザーインターフェースを持ち、3D構成の生物学データの分析や公的・私的データベース上での生物学データの検索が可能です。クラウドベースの16S Biodiversityツールを使用し、RDPデータベースから16S rRNAを鑑定し、生物多様性をグラフやチャートに視覚化することができます。

2022年7月15日お取り扱い開始
2022年11月1日価格変更
2022年11月11日価格変更

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14100034  Personal Subscription(1年間)

税込参考組価 ¥ 109,890 本体価格 ¥ 99,900

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税込参考組価 ¥ 57,750 本体価格 ¥ 52,500

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インストール条件については、各ソフトウェアの利用許諾書を必ずご覧ください。
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製品特徴

使い方が簡単!

Geneious Primeは、直感的に使用できるシンプルなインターフェースを備えており、プログラミングのスキルなどを一切必要としません。

パワフルなツール

分子クローニング、ゲノミクス、およびシーケンス分析に不可欠なツールが揃っています。業界をリードするアルゴリズム、強力な分析、優れた視覚化により、データを探索しながら重要な洞察を得ることができます。

コラボレーションを強化する

シーケンスデータの管理と分析を1つのプラットフォームに一元化します。分析結果やNCBIデータをシーケンスとともに保存し、整理します。直感的なフォルダベースの構成とシームレスに統合された共有データベースにより、チーム間のコラボレーションを強化します。

エラーとリスクを減らす

「ワークフローの自動化」「プラグインで拡張」「既存のシステムと統合」「独自のカスタムアルゴリズムを追加」
Geneiousは、作業効率を高め、ビジネスプロセスを制御し、研究における人為的ミスを減らします。

概要

サンガーシーケンス分析(Sanger Sequencing Analysis)

● クロマトグラムの表示

サンガーシーケンストレースファイルを表示します。綺麗な表示でブラウザによる読み取りをナビゲートします。

● クロマトグラムの組み立て

サンガーシーケンストレースをトリミングして位置合わせできます。シンプルなシーケンスアセンブリと簡単なコンティグ編集により、マッピングの精度を向上させ、分析時間を短縮します。

● 強力なSNP検出と変異の呼び出し

シーケンスビューアにより手動で不一致を簡単に検出、調査、および解決します。


▶さらに詳しく https://www.geneious.com/features/sanger-sequence-analysis/

次世代シーケンス分析

● 簡単にNGSの可視化とナビゲーションを実施

クリックするだけで、お持ちの次世代シーケンスデータに必要な可視化ができます。注釈付きのゲノム、環状ゲノム、マッピングされたリード、コンティグは、すべて高度にカスタマイズ可能なシーケンスビューに表示されます。

● パワフルなSNP変異分析

多用途のGeneiousアルゴリズム、またはよく知られているFreeBayesのいずれかを使用してSNP/変異を検索します。

● シンプルなRNA-Seq発現解析

マップされたリードから出現レベルを計算し、サンプル間でペアワイズ比較して実行し、差次的に発現する遺伝子を特定します。

● アンプリコンメタゲノミクス(Amplicon Metagenomics)

Geneious Prime内でフィルタを組み立て、メタゲノムデータセットを分析できます。アンプリコンデータは、シーケンス分類子または16S 生物多様性ツールを使用して分類できます。

 

▶さらに詳しく https://www.geneious.com/features/ngs-visualization-downstream-analysis/

分子生物学(分子クローニング)

● プラスミドマップと出現ベクターに注釈

Geneious PrimeはPlasMapperに接続されているため、一般的なプロモーター、ターミネーター、クローニングサイト、制限サイト、レポーター遺伝子、アフィニティタグ、選択可能なマーカー遺伝子、複製起点、オープンリーディングフレームを使用してプラスミドを自動的に強調表示します。

● 分子クローニング操作をシミュレート

オーバーハングが一致する複数のフラグメントを一緒にライゲートします。DNAのフラグメントをオーバーハングが一致するベクターに挿入します。制限クローニングとPCRをシミュレートします。ゴールデンゲートのクローン作成をシミュレートします。融合内クローニングとギブソンアセンブリのシミュレーションをします。ゲートウェイとTOPOのクローニングをシミュレートします。

● コドン最適化ツール

レアなコドンを見つけるか、標的生物に基づいて完全に最適化された配列を生成し、同時に不要な制限部位を削除します。

● 重要な制限酵素およびDNAフラグメントデータを保存してアクセス

重要なデータをドラッグアンドドロップし、制限酵素リストをカスタマイズし、線形または円形のDNAフラグメント上のすべての酵素をすべてリアルタイムで表示します。GoldenGateやBioBrickなどの市販の酵素はすでにGeneious Primeに保存されています。

● 重要なドキュメントを自動的に追跡して保存

クローン操作を追跡して、変更を親からすべての子孫に自動的に伝播できるようにします。

 

▶さらに詳しく https://www.geneious.com/features/molecular-cloning/

NGSの前処理、組み立て、マッピング

● シーケンシングリードの広範な前処理

クリーンなシーケンスデータは、正確なダウンストリーム分析にとって非常に重要なため、必要なすべての前処理ツールに簡単にアクセスを可能にすることで、データが最高の形になっていることを確認できます。

● 信頼性の高いリファレンスマッピング

反復アプローチを備えた独自のGeneious Read mapperは、他の一般的なマッピングアルゴリズムよりも優れた結果を生成し、構造変異を正しく整列させることができます。

● 柔軟なDe Novoゲノムアセンブリ

Geneious Assemblerは、ペアリードや異なるシーケンスマシンからの混合リードを含む、任意の長さのリードを持つあらゆるタイプのシーケンスマシンからのデータを処理する柔軟性があります。


▶さらに詳しく https://www.geneious.com/features/assembly-mapping/

アライメントと系統発生学(系統樹分析)

● 組み込みの尤度、距離、およびベイズ系統樹の構築方法

インタラクティブな distance matrix viewerを使用すると、系統発生分析のための意味のある統計を迅速に計算可能です。

● ファイルをジャグリングせずに系統樹を構築して分析

簡単なワンクリック方式で、Geneious Primeで任意のアライメントを選択し、アルゴリズムを選択するだけで系統樹を生成できます。

● 系統樹構築アルゴリズムの選択

・近隣結合–高速でシンプルな近隣結合法を使用して、数秒で多数の分類群のガイドツリーを構築します。
・UPGMA –系統発生的再構築のためのシンプルで高速な階層的クラスタリング手法です。
・MrBayes –系統発生のベイズ推定のために、Geneiousにはローカルマシンで実行できるMrBayesプラグインが組み込まれています。
・PAUP –合理化されたグラフィカルユーザーインターフェイスを介してGeneious内からPAUPプラグインを起動し、最大節約、最尤法を実行します。このプラグインを使用するには、PAUPを購入する必要があります。
・PhyML –PhyMLプラグインで最尤法の最速の実装を利用できます。
・GARLI-迅速な尤度推論のための遺伝的アルゴリズムです。
・RAxML-ランダム化された加速最尤法です。
・FastTree –ヌクレオチドまたはタンパク質配列のアライメントからのほぼ最尤の系統樹です。

● 系統発生のアートワークをエクスポートして公開

表示設定を操作して、ブランチラベル、ノードラベル、エンドラベル、ツリーシェイプ、ツリースケールをカスタマイズするか、クレードに色を付けて、ツリーを希望通りに作成します。

 

▶さらに詳しく https://www.geneious.com/features/phylogenetic-tree-building/

NCBIとBLAST

● 接続可能な外部の科学データベース

・NCBI
・PubMed
・GenBank
・UniProt
・Broad Institute
・InterPro Scan
・PlasmoDB と PiroplasmaDB

● シーケンスをGenBankに直接送信

Geneious Primeは、シーケンス、ゲノム、特徴、プライマートレース等を送信するプロセスを簡素化するGenBank送信プラグインを備えています。

● ローカルまたはNCBIに対するBLASTシーケンス

NCBIのさまざまなオンラインデータベースに保存されている配列に対するBLAST検索により、結果がGeneiousPrimeに直接返されます。カスタムマルチスレッドBLASTを実装することにより、すべてのシーケンスデータを使用してローカルデータベースをセットアップし、ローカルでBLASTします。
「hit」と「no hit」に基づいて、ローカルデータベースと bin に対して任意の大きなデータセットをバッチBLASTすることで、それらの希望シーケンスのみを保持します。

● データベースを直感的に検索

ダウンロードしたコンテンツを任意のメタデータフィールドで検索するか、動的フィルターボックスを使用して検索結果を微調整することで、目的のドキュメントをすばやく見つけることが可能です。
Accession ID、生物名、分類法など、利用可能なメタデータフィールドのいずれかに基づいてシーケンスを検索します。ブール検索を作成して、検索の特異性を高めます。

● 研究に適したPubMedのジャーナルを見つける

著者、タイトル、または要約コンテンツでPubMedを検索し、参照をローカルフォルダに直接保存します。
任意のデータ形式による、時間単位、日単位、週単位、または月単位の検索を自動化します。そして、結果をローカルフォルダに配信します。

 

▶さらに詳しく https://www.geneious.com/features/searching-blast-genbank/

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対応データ


▶さらに詳しく https://www.geneious.com/features/import-export-sequence-data/

Geneious Prime 2022.1 新機能


パーツのクローン作成


パーツのリストから可能なすべての組み合わせを作り、パーツのクローン作成のサポートを追加して、クローン作成のスループットをスケールアップします。この新しい操作は、ツールバーの[ Cloning ]メニューにあり、一般的な合成ワークフローにも使用できます。

Batch Golden Gate


シーケンスリストを使用してGoldenGateのクローン作成をバッチで実行し、GoldenGateのクローン作成操作を1つずつ停止します。

Excelスプレッドシートからのインポート


Excelスプレッドシートに保存されているデータベースを簡単にインポートして特性評価できるため、保存されたデータを使用したテストなど、Primerツールを最大限に活用できます。このオプションは、ツールバーの[ Primers ]メニューにあります。

▶さらに詳しく https://www.geneious.com/whats-new/


商品詳細
動作環境

《Win》Windows 7/8/10/11(64bit)
《Mac》macOS 10.11以上
《Linux》Ubuntu Desktop LTS(18.04 and 20.04)
[共通]64bit CPU/HD空き容量:2GB以上/RAM:2GB以上/解像度:1024×768以上
※動作環境の詳細:https://help.geneious.com/hc/en-us

●配列情報マルチ解析ソフト●類似配列検索プログラムBLASTのような分類学的な分類が可能●RPKMやTPMを使用し、mRNAデータに変換された遺伝子発現を分析●インストールサポート(日本語)と、メーカーによる無償の技術サポート(現行バージョンと1つ前のバージョンをお持ちの方のみ:英語・Email)●ダウンロード製品

【インストール条件・購入条件】
【Personal Subscription】1ライセンスにつき、ライセンス購入者が所有もしくは専有するPC2台にインストール可能(例:自宅と所属先など)/同時起動不可/オフライン環境で利用可能/契約期間内の無償アップグレード ●アカデミック版の購入時は教育機関発行のメールアドレスが必要●アカデミック版で「日本語マニュアル付」をご希望の方は、お名前とご所属(大学名、学部名、学科名、研究室名)を添えて、別途お問い合わせ●複数でのご利用向けグループサブスクリプションについては別途お見積もり(想定されるご利用環境をご確認)【学生版】●学生版の購入時は有効期限が明記された学生証コピーと教育機関発行のメールアドレスが必要

販売元: JUCA, Inc.
URL:https://www.academic-soft.com/

関連記事・情報
◆トライアルのお申込みはこちら(メーカーサイト:英語)
◆Geneiousの解析を拡張するさまざまな無料のプラグインはこちら(メーカーサイト:英語)
◆チュートリアルはこちら(メーカーサイト:英語)

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